Natif de Panevėžys, c’est avec le club local de sa ville natale que Petkunas a effectué ses premiers pas chez les pros au cours de la saison 2000-2001. Comme bon nombre de ses compatriotes, il choisit ensuite de poursuivre sa formation sur le continent américain. A 19 ans, il traverse donc l’Atlantique pour intégrer l’université de Townson. Petkunas reste 3 saisons au sein de cette fac avant d’aller chercher davantage de temps de jeu en optant pour l’université de West Georgia qui évolue en seconde division NCAA. Petkunas y effectue sa dernière année d’éligibilité en NCAA avant de revenir cette saison au pays.
Petkunas avait ainsi signé pour le club de Neptunas Klaipeda où cet ailier physique a réalisé une bonne saison pour sa première véritable expérience professionnelle : 11,6 pts et 4,9 rbs en 27 min en LKL et 10,7 pts et 4,6 rbs en 28 min en Baltic League.
Ailier au physique intéressant, bon scoreur, disposant d’un shoot efficace notamment à 3 pts, Petkunas formera le secteur extérieur du club ébroïcien aux côtés des restants Eric Micoud et Charles Lombahé-Kahudi et de la jeune recrue Bougari Konaté.